Für MUBIKIN haben sich die Stadt Nürnberg mit der Musikschule Nürnberg, die Stiftung Persönlichkeit, die Bouhon Stiftung und die Hochschule für Musik Nürnberg zusammengeschlossen. Die Geschäftsführung liegt beim Amt für Kultur und Freizeit der Stadt Nürnberg, bei dem eine Regiestelle für das Programm eingerichtet wurde. Die Umsetzung von MUBIKIN in den Schulen erfolgt in Zusammenarbeit mit dem Staatlichen Schulamt in der Stadt Nürnberg.
Die Begleitung von MUBIKIN erfolgt durch eine Trägerversammlung, der Vertreterinnen und Vertreter der beteiligten städtischen Dienststellen und der Kooperationspartner angehören. Von der Trägerversammlung einberufene Expertengruppen diskutieren fachliche Aspekte und legen Anträge zur Beschlussfassung vor. Die Steuerung des Projekts bzw. des laufenden Geschäfts obliegt der Regiestelle, die beim Amt für Kultur und Freizeit der Stadt Nürnberg angesiedelt ist.
Trägerversammlung